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Le Clostridium difficile, souvent appelé « C. difficile », est une bactérie qui cause couramment l'inflammation du colon et de la diarrhée. Les facteurs de risque pour les infections comprennent l'utilisation d'antibiotiques, une maladie inflammatoire chronique de l’intestin et le vieillissement. On compte autant que 20 à 30 % des patients ayant reçu un diagnostic de C. difficile qui subissent une seconde infection. Dans certains cas, les infections à C. difficile sont fatales.

La transplantation de microbes à partir du système digestif d'une personne en santé est un moyen facile d'obtenir un meilleur mélange de microbes chez une personne infectée par le C. difficile. La bactériothérapie fécale, également connue sous le nom de transplantation fécale ou de greffe fécale, est un processus de transplantation de bactéries fécales provenant d'une personne saine chez un patient atteint d'une infection à C. difficile. Comparativement à l'utilisation d'antibiotiques, la bactériothérapie fécale est efficace et semble présenter un bon rapport qualité-prix pour traiter les infections récurrentes à C. difficile.